Le GIP-CPS est en charge de la certification des identités et des qualifications professionnelles dans l'univers électronique des systèmes d'information de santé. Il délivre à chaque professionnel de santé qui en fait la demande une carte d'identité professionnelle électronique, la CPS, qui lui permet de se faire reconnaître de manière sûre par les applications ou les autres professionnels du secteur.

Il est en outre responsable de la mise en oeuvre du Répertoire Partagé des Professionnels de Santé (RPPS) ayant vocation à devenir le référentiel national d'identité des PS.

L'application la plus visible et la plus connue utilisant la carte CPS est l'application SESAM-Vitale permettant aux professionnels de santé de télétransmettre leurs feuilles de soins électroniques ainsi que leurs demandes de remboursements électroniques aux organismes d'assurance maladie obligatoire et complémentaire. En 2006, plus d'un milliard de feuilles de soins électroniques ont été télétransmises.

Mais plus largement, le système CPS permet l'échange et le partage sécurisés d'informations médicales entre professionnels de santé dans le cadre de réseaux de soins, dossiers médicaux partagés, demandes et résultats d'examens biologiques. Son apport est essentiel pour assurer la protection de la confidentialité des données dans le cadre des applications communicantes en plein développpent (DMP, DP, DCC...). Et depuis la parution du "décret confidentialité" du 15 mai 2007, la carte CPS est devenue obligatoire pour tout accès à des données de santé à caractère personnel.

Le GIP-CPS, garant des identités et des qualifications professionnelles au sein des systèmes d'information de santé.